Auf dem österreichischen Teil der Donau wurden im Jahr 2012 nach Berechnungen von Statistik Austria 10,7 Millionen Tonnen an Gütern befördert. Dies entsprach im Vergleich zum Vorjahr einer Zunahme des Transportaufkommens um 7,8% bzw. 0,8 Mio. t. Die Anzahl der beladenen Fahrten verringerte sich dabei jedoch um 8,2% von 10.325 auf 9.481. Die Zunahmen des Transportaufkommens bei rückläufiger Anzahl der beladenen Fahrten sind durch eine erhöhte Auslastung (+10,1%) sowie gestiegene Beförderungsweiten je Tonne (+1,9%) der Schiffe im Jahr 2012 zu erklären.
Insbesondere im Inlandverkehr war der Zuwachs der Tonnage mit einem Plus von 119,4% (+0,7 Mio. t) auf 1,2 Mio. t überdurchschnittlich hoch. Der Anteil des Inlandverkehrs am gesamten Transportaufkommen betrug allerdings nur 11,6%. Wie schon in den Jahren 2009 bis 2011 wurden auch 2012 auf der Donau am häufigsten Güter der NST/R-Kapitel "Erze und Metallabfälle" (2,9 Mio. t), "Erdöl, Mineralölerzeugnisse" (2,1 Mio. t), "Land- und forstwirtschaftliche Erzeugnisse und lebende Tiere" (1,8 Mio. t) sowie "Düngemittel" (1,1 Mio. t) transportiert.
In den Linzer Häfen lag die zu Wasser umgeschlagene Gütermenge mit 5,3 Mio. t um 16,4% über dem Vorjahreswert. Für die Wiener Häfen wurde mit 1,2 Mio. t ein um 14,2% höherer Wasserumschlag ausgewiesen. Abnahmen wurden hingegen sowohl beim Hafen Krems (-12,1% auf 0,4 Mio. t) als auch beim Hafen Enns (-2,3% auf 0,6 Mio. t) errechnet.