Mit 623.385 Passagieren lag das Gesamtpassagieraufkommen am Linzer Flughafen um 8,2% unter dem des Jahres 2011. Im Linienverkehr reisten 390.572 Passagiere (-5,9%). Ausschlaggebend für den Rückgang im Linienverkehr waren die Low-Cost-Verbindungen. Die klassischen Netzwerkverbindungen (Düsseldorf, Frankfurt, Wien) verzeichneten ein stabiles Aufkommen. 230.667 Passagiere (-11,2%) reisten im Charterverkehr. Im Ausweichverkehr wurden 2.146 Passagiere gezählt.
Nach einem starken Wachstum in den Jahren 2010 und 2011 (+40%) hat sich das Frachtvolumen konsolidiert. Insgesamt wurden 43.696 Tonnen Fracht (-7,7%) abgefertigt. Das von der Flughafen Linz GesmbH selbst abgewickelte Frachtvolumen wuchs um 18,9% gegenüber dem Vorjahr. Diese Entwicklung ist auf neue Geschäftsfelder zurückzuführen, die der Linzer Flughafen im vergangenen Jahr übernommen hat.
